本病应注意与细菌性痢疾相鉴别。细菌性痢疾(bacillary dysentery)，是由痢疾杆菌引起的常见急性肠道传染病，以结肠化脓性炎症为主要病变，有全身中毒症状、腹痛、腹泻、里急后重、排脓血便等临床表现，通常大便是腥臭味，为脓性血便，而阿米巴感染后的大便是果酱色样大便，伴有奇臭，故可以根据大便的臭味以及外观进行初步鉴别。大便的病原体检查可以确诊。