以单克隆抗体识别淋巴细胞表面标志物可发现本病与恶性淋巴瘤不同，淋巴细胞是多克隆体系。此外，免疫组化、免疫荧光技术等可能有助于正确诊断。Hp检查不应忽视，应列为常规。

本病胃镜和X线误诊成恶性淋巴瘤和ⅡC型早期胃癌的较多。鉴别依靠胃的多点活检、深部活检和大圈套活检。组织活检有淋巴滤泡有利于良性的诊断。组织切片的免疫组织化学染色有时可与恶性淋巴瘤区别，恶性淋巴瘤是单克隆细胞，本病为多克隆细胞，但非绝对。