虽然在呕吐物及胃内容物中常能发现大量真菌，但因胃真菌病是如此少见，而胃内容物中可能发现真菌机会甚多，故单纯发现真菌并不能认为是胃真菌病。文献上所有已经报道的胃真菌病均未能有正确的临床诊断，而最后的确诊只能有赖于手术或活组织检查。活组织病理检查是确诊本病的依据。切片可见假膜存在，镜下可发现菌丝。血白细胞中度升高，粘膜白色膜状物涂片找到芽孢及菌丝。系统性念珠菌感染需有血、胃镜活检、痰或支气管灌洗液培养阳性才能诊断。