在腺病毒肺炎病程中，可并发金黄色葡萄球菌、大肠杆菌、肺炎球菌、肺炎杆菌、绿脓杆菌等感染，以致病势更为严重。在腺病毒肺炎后期，以下几点常提示有继发细菌感染存在：①于发病10天左右病情不见好转，或一度减轻又复恶化；②痰变为黄色或淘米水色；③身体其他部位有化脓灶；④出现脓胸；⑤X线检查出现新的阴影；⑥白细胞计数增高以及中性粒细胞比例增高或核左移；⑦中性粒细胞的碱性磷酸酶或四唑 氮蓝染色数值增高。

在重症腺病毒肺炎的极期（第6～15病日），少数病例可并发弥漫性血管内凝血（DIC）尤其易发生在有继发细菌感染时，在DIC发生前均有微循环功能障碍，最初多仅限于呼吸道及胃肠道小量出血；以后可有肺、胃肠及皮肤广泛出血。本症经初筛试验、筛选试验及确定试验以肯定诊断。初筛试验以粪便潜血试验阳性及血小板计数减少为重要指标；肯定诊断则以血小板减少、纤维蛋白元降低、凝血酶原时间延长三项中两项异常或鱼精蛋白副凝试验（三P试验）、乙醇胶试验及优球蛋白溶解时间三项中一项异常为准。

长春白求恩医大发现重症病例或并发7型或3型腺病毒心肌炎者，以起病急、恢复快为特点。一般见于病程第2周早期，随着心肌缺氧、水肿的消除，其恢复较快。但由于合并心力衰竭，往往漏诊心肌炎；应重视突然出现苍白、多汗、呕吐、腹痛、心界扩大、心率变快或变慢，以及肝肿大等，常规作心电图及心肌酶检查以确定诊断。