需与诺氏克病毒、肠腺病毒、嵌杯状病毒、星状病毒引起的急性肠炎相鉴别。

      (一)寄生虫感染：周围血嗜酸粒细胞增多可见于钩虫血吸虫、绦虫、囊类圆线虫所致的寄生虫病各有其临床表现。

(二)胃肠道癌肿与恶性淋巴瘤：也可有周围血嗜酸粒细胞增高但属继发性，应有癌肿与淋巴瘤的其他表现。

(三)嗜酸性肉芽肿：主要发生于胃和大肠小肠呈局限性肿块，病理组织检查为嗜酸性肉芽肿混于结缔组织基质中。过敏史少见周围血中白细胞数及嗜酸性粒细胞常不增加。

(四)嗜酸粒细胞增多症：除周围血嗜酸粒细胞增高外病变不仅累及肠道，还广泛累及其他实质器官，如脑心、肺、肾等其病程短、预后差，常在短期内死亡。