小儿肠炎多因不洁东西所引起，故预防最要紧的是食物之清洁及保存安全。小孩尽量不要吃街上贩卖的生冷东西，在家中吃东西要煮沸以及用其他方法洗净消毒灭菌 。食器亦要消毒干净，婴儿所有奶瓶、奶头都要严格消毒，冲好的奶或吃过一半的奶，不可放置在温室太久。家里有下痢人时，应将病人隔离，其大便呕吐等排泄物的用具要消毒，排泄物要小心处理，以免传染给其他小孩。

另外，受凉尤其是腹部受凉或过食生冷硬物也可以引起小儿肠道菌群环境与功能性失调，从而发生小儿腹泻，此时不能按感染性治疗，最好看中医调治。