小儿肠炎最主要的致病原因：病毒、细菌。

大多数肠炎是感染细菌或病毒等病菌后引起的，导致肠炎的病菌种类繁多，其中以病毒最为多见，如轮状病毒、腺病毒、柯萨奇病毒等，不过，病毒性肠炎的症状一般比较轻微。由细菌引发的肠炎则症状较重，其中常见细菌有空肠弯曲菌、沙门氏菌、痢疾杆菌、致病性大肠杆菌、金黄色葡萄球菌等。

小儿肠炎的病因

一、传染性下痢：吃了不清洁的东酉，以细菌性下痢为最多，如赤痢菌、病原性大肠菌、革兰氏阴性细菌、葡萄状球菌。沙门氏菌等，此病多发生在每年5～6月间。滤过性病毒也是小儿肠炎之主因，如小儿麻痹 病毒。流行性肝炎病毒以及其他原因不明之病毒，都可引起流行性下痢。每年9～10月间流行之下痢，多为滤过性病毒引起的。原虫以及阿米巴山可引起下痢，在邻国菲律宾就发现新生儿的阿米巴病例，在我国因环境卫生进步，此种病例较少。

二、全身性感染：小儿因抵抗力弱在发生中耳炎、肺炎或肾盂炎时亦可罹患下痢。

三、饮食：消化不良、过食或者饮食浓度太浓的奶、脂肪或淀粉过高，亦可引起消化不良，发生下痢。

四、口服抗生素：有些抗生素会刺激肠管发生下痢，有些抗生素抑制正常肠管苗簇之发育性而使病原性细菌过度滋长而发生下痢。

五、胃肠过敏症：有些小儿对牛乳有过敏性而发生下痢。

六、酵素缺乏：原发性或由于下痢续发性皆可引起酵素缺乏。

七、内分泌不正常。

八、食物中毒等：除发生下痢外尚有厉害呕吐现象。