隐孢子虫如出现肠道症状时应注意和其他常见的肠道腹泻病原体相鉴别，包括细菌性痢疾、霍乱、病毒性胃肠炎、细菌性痢疾、致病性沙门杆菌、弯曲杆菌等相鉴别，隐孢子虫病主要从粪便中查出卵囊确诊，检查方法多用粪便直接涂片染色，人畜普遍易感。
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