1.探针探查时不应加用暴力，避免造成假道，误将内口及最深一段瘘管遗留，以致术后复发感染，重新形成瘘管。
2.如果找不到内口，可先切开探针已经探及的一段瘘管，然后在创面有美蓝染色的部位，寻找内段瘘管的开口，继续插入探针探查。也可用力挤压瘘管，即可见少许脓液或美蓝从内口溢出。还可用皮钳夹住瘘管外口处及其管壁，向外牵拉与放松，在窥肛器下可见肠壁肛瘘附近形成一下陷区，这多为内口所在部位。
3.切开瘘管时，若遇见肛门括约肌，必须使切口方向与肌纤维垂直，不应斜切或同时切断两处，否则将发生大便失禁。
4.切开肛门前侧位置较深的瘘管后，不宜作瘘管切除，因前侧肛门括约肌比较薄弱，又无耻骨直肠肌支持，切除后不易对合，容易造成大便失禁。一旦切断，应用2-0肠线将切断的肌肉作疏松的8形缝合，以免回缩。
5.切除后侧复杂肛瘘时，注意不要损伤尾骨直肠肌，以免肛管向前移位。
6.对结核性瘘管，术前抗结核药物应用要合理。术中污染不明显者，可在彻底切除瘘管结核组织后，用细不锈钢丝或尼龙线缝合伤口，消灭死腔。
