成因非常复杂，有些是不可更改的因素，例如：逐渐增长的年龄、女性、种族、基因和家族史；有些是后天因素，部分是可以逆转的，例如：妊娠、肥胖、低纤维、高热卡饮食结构、长时间禁食、某些药物如头孢曲松，降脂药、口服避孕药、快速体重丧失（>1.5kg/wk）、代谢综合征、特殊疾病等等。比较胆红素钙结石而言，黑色素结石少