本病可出现各个系统的并发症；例如出现流行性肌痛疱疹性咽峡炎婴儿急性心肌炎无菌性脑膜炎，急性流行性眼结膜炎等并发症并由此进入血循环导致病毒血症(第一次病毒血症)，病毒可随血流带至全身各器官如中枢神经系统皮肤粘膜心脏，呼吸器官肝胰肌肉等处在该处进一步繁殖，引起病变并再次进入血环引起病毒血症。
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