柯萨奇病毒和埃可病毒感染需要和其他病毒如EB病毒、腺病毒感染相鉴别。后两种病毒感染临床表现与柯萨奇病毒和埃可病毒感染感染有一定的差异性，如EBV感染可导致传染性单核细胞增多症，以小孩多见，也可以伴有心肌损伤，故应注意鉴别。各临床症候群应与相应的疾病进行鉴断，主要根据病史，流行病学资料、临床表现及实验室检查，且主要是以实验室检查依据作为判断的标准。