慢性萎缩性胃炎的发病原因尚不十分清楚，可能与下列因素有关：

1，幽门螺杆菌感染：幽门螺杆菌感染引起慢性胃炎的证据如下：绝大多数慢性活动性胃炎患者胃粘膜可检出幽门螺杆菌，幽门螺杆菌在胃内分布与胃内炎症分布一致，根除幽门螺杆菌可使胃内炎症消除，从志愿者和动物模型中可复制幽门螺杆菌感染引起的慢性胃炎。

2，饮食和环境因素：长期的幽门螺杆菌感染，在部分患者可发生胃粘膜萎缩和肠化生，即发展为慢性多灶萎缩性胃炎，研究显示：饮食中高盐和缺乏新鲜蔬菜水果与胃粘膜萎缩，肠化生即胃癌有着密切的关系。

3，自身免疫：自身免疫性胃炎以富含壁细胞的胃体粘膜萎缩为主，患者血清中存在自身抗体，例如壁细胞抗体，有些患者伴有恶性贫血，可以查到贫血因子抗体。

4，其他因素：例如幽门括约肌功能不全时含胆汁和胰液的十二指肠液反流入胃，可减弱胃粘膜的屏障功能，酗酒、服用非甾体抗炎药、接触金属、放射、缺铁性贫血、生物因素、体质因素等均可损伤胃粘膜而引起慢性炎症。