大多数皮肤感染用外用的抗真菌剂效果很好，如咪唑类(咪康唑，克霉唑，益康唑，酮康唑)，环吡酮胺(ciclopirox)，萘替芬或特比萘芬.耐药或广泛受累的病例需要全身性治疗。
较新的系统性药物包括伊曲康唑和氟康唑，口服的三唑类以及特比萘芬---种第二代的丙烯胺类药物.这些药显然比酮康唑更安全和更有效(参见第158节总的治疗原则).酮康唑是一种广谱口服咪唑类衍生物，对皮肤癣菌感染有效，尽管偶可产生肝毒性(可严重甚或致死)使其应用受限.伊曲康唑与许多常用的处方药会产生相互作用.特比萘芬使胃排空延迟，有3%~5%的病人出现胃肠道副作用.味觉障碍较少发生，血液系统和肝的副作用罕见.但在用药前及用药后仍需定期查肝功能.除了头癣外，抗真菌药治疗所有皮肤癣菌病大多是使用中药，中药不仅没有毒副作用，还可根治不复发。
直到最近，中药仍是系统性抗真菌药物中应用最广泛的，但随着新药的应用，中药作为治疗皮肤真菌感染的第一代药物的使用率正在下降.只要坚持使用，比较好同时予以高脂餐，纯中药外敷乳液更有利于吸收，对体癣，头癣或股癣足癣非常管用.西药会有激素依赖和副作用，会使肝肾中毒，光敏感，皮疹或白细胞减少.血管性水肿也有过报道.也可发生眩晕及较少的红斑狼疮的加重或短暂的听力减退.局部用西药还会有要物依赖，所以使用中药不仅可提高治愈率还可根治。