在腺病毒肺炎病程中，可并发金黄色葡萄球菌、大肠埃希杆菌、肺炎链球菌、肺炎杆菌、铜绿假单胞菌等感染，以致病势更为严重。在腺病毒肺炎后期，以下几点常提示有继发细菌感染存在：

1.于发病10天左右病情不见好转，或一度减轻又复恶化。

2.痰变为黄色或淘米水色。

3.身体其他部位有化脓灶。

4.出现脓胸。

5.X线检查出现新的阴影。

6.白细胞计数增高以及中性粒细胞比例增高或核左移。

7.中性粒细胞的碱性磷酸酶或四唑氮蓝染色数值增高。在重症腺病毒肺炎的极期(第6～15病日)，少数病例可并发弥漫性血管内凝血(DIC)，尤其易发生在有继发细菌感染时。在DIC发生前均有微循环功能障碍，最初多仅限于呼吸道及胃肠道小量出血;以后可有肺、胃肠及皮肤广泛出血。本症经初筛试验、筛选试验及确定试验可肯定诊断。长春白求恩医大发现重症病例或并发7型或3型腺病毒心肌炎者，以起病急、恢复快为特点。一般见于病程第2周早期，随着心肌缺氧、水肿的消除，其恢复较快。但由于合并心力衰竭，往往漏诊心肌炎;所以应重视突然出现苍白、多汗、呕吐、腹痛、心界扩大、心率变快或变慢，以及肝大等，常规做心电图及心肌酶检查以确定诊断。重症肺炎还常并发肺纤维化、慢性肺炎、肺不张及支气管扩张等。