新生儿单纯疱疹病毒感染的并发症主要是引起唇、口周、龈及咽部皮肤黏膜疱疹;Ⅱ型引起生殖器疱疹可发生呼吸窘迫或暂停、惊厥、高胆血症，并发病毒血症可迅速发展为呼吸衰竭、休克及DIC等。存活者都留有中枢神经系后遗症，至小眼球、白内障等。
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