基底细胞癌需与黑色素瘤，鳞状细胞癌，睑板腺癌，乳头状汗腺腺瘤等眼睑良，恶性肿瘤相鉴别，鉴别的主要手段依赖病理学检查。
1.黑色素瘤：是一种恶性程度相当高的恶性肿瘤，又称恶性黑瘤，大多原发于皮肤，也可起源于眼、鼻腔等处，早期可发生转移，转移部位多见肺、脑。一旦诊断，应尽早作广泛肿瘤切除，并辅助免疫治疗等综合措施。
2.鳞状细胞癌：亦称皮样癌，主要从有鳞状上皮覆盖的皮肤开始。
3.睑板腺癌：本病为原发于睑板腺的恶性肿瘤，在我国较为常见。