芽生菌病应该与深部真菌病，特别是着色芽生菌病、增殖性溴碘疹、坏疽性脓皮病、寻常狼疮、疣状皮肤结核等病相区别。

芽生菌病的皮肤病变：可被误诊为孢子丝菌病、结核、碘中毒、基底细胞瘤。

芽生菌病的生殖器感染可能与生殖器结核相似。

肺皮炎芽生菌病应与其他真菌病、结核和肿瘤区别。

根据Oaniel Su提出六条诊断标准可以区别。

①为较大的疣状斑块，表面有脓性分泌物，边缘隆起;②病理组织为假性上皮瘤样增生;③培养至少有一种致病菌，如金黄色葡萄球菌、溶血性链球菌或绿脓杆菌生长;④深部真菌、非典型分支杆菌及结核杆菌培养均阴性;⑤真菌血清试验阴性;⑥无服溴剂史，血清溴水平正常。前三条为诊断本病的必备条件，后三条是鉴别诊断标准。