急性高原病主要与病毒性疾病如流行性感冒等相鉴别。
流感常有咽喉痛，打喷嚏，鼻塞，流涕，发烧，头痛，以及全身肌肉痛。
急性高原病一般不发烧，无上呼吸道其他症状，无肌肉痛。
此外，饮酒过量，剧烈运动，脱水可导致严重头痛，恶心，呕吐，尿少等类似急性高原病的症状，应进行鉴别。
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