蕈样肉芽肿的早期诊断需要与以下几类疾病相鉴别：

第一类为良性炎症性皮肤病，如慢性湿疹、银屑病、体癣及药疹等，这些疾病常常造成对蕈样肉芽肿的误诊或延误诊断，需要长期随访并多次活检，才能明确诊断。

第二类疾病包括组织学改变提示蕈样肉芽肿的良性皮肤病，如淋巴瘤样接触性皮炎、淋巴瘤样药物反应、光线性类网状细胞增生症等。第三类需要鉴别的疾病包括其他类型的皮肤T细胞淋巴瘤。