并发症有食管狭窄、真菌团引起梗阻、上消化道出血、食管穿孔、食管-气管瘘、真菌扩散以及继发性细菌感染所致的败血症。可以导致食管狭窄，发生率为15%～100%。狭窄部位多于食道中上段的鳞-柱状上皮交界处，而胃食道反流引起的狭窄多位于食道下段。还可诱发反流性食道炎，其发生几率为29%～82%。病变可单独累及柱状上皮，也可同时累及鳞状和柱状上皮。
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