主要与细菌中毒症、病毒中毒症相鉴别，病原体培养可资鉴别。同时注意与细菌性痢疾、急性胃肠炎、急性肠梗阻、食物中毒、农药中毒相鉴别，通过完善分泌物以及呕吐物检查诊断本病并不困难。真菌中毒患者通常有明确的污染食物摄入使，或者抵抗力低下、长期使用免疫抑制剂等诱因造成感染。
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